Bei der Stuhlprobenentnahme für Ernährungstests (z. B. Mikrobiom-Analyse) treten häufig Fehler auf, die die Ergebnisse verfälschen können. Wichtig ist, die Probe nicht mit Urin zu verunreinigen, da Harnstoff Bakterien abtöten kann. Auch die Lagerung ist kritisch: Die Probe sollte möglichst frisch (innerhalb weniger Stunden) eingeschickt oder gemäß Anleitung gekühlt werden. Ein weiterer Fehler ist die Einnahme von Probiotika oder Antibiotika kurz vor der Probenahme, da dies die Bakterienzusammensetzung vorübergehend verändert. Auch die Ernährung in den Tagen davor kann die Ergebnisse beeinflussen – eine extreme Diät oder Fasten sollte vermieden werden. Viele Anwender übersehen zudem, dass die Test-Kits nicht für die Diagnose von Krankheiten validiert sind. Die Ergebnisse sind als Orientierungshilfe für den Lebensstil gedacht, nicht als medizinische Diagnose. Bei ernsthaften Beschwerden ist ein Arzt aufzusuchen.
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