Die Kosten für ein Mikrobiom-Labor (Stuhltest) variieren stark je nach Anbieter, Umfang der Analyse und Region. In Deutschland liegen die Preise für einen standardisierten 16S-rRNA-Test (Bakterienbestimmung) meist zwischen 80 und 200 Euro. Umfassendere Shotgun-Metagenomik-Analysen (auch Pilze, Viren, Resistenzgene) kosten oft 250 bis 500 Euro oder mehr. Einige Krankenkassen übernehmen die Kosten bei bestimmten Indikationen (z. B. wiederkehrende Darminfektionen), aber für gesunde Selbstzahler ist dies in der Regel nicht der Fall. Wichtig: Die Aussagekraft ist begrenzt – es gibt keine einheitlichen Referenzwerte für ein „gesundes“ Mikrobiom. Die Ergebnisse können Hinweise geben, ersetzen aber keine ärztliche Diagnose. Bei ernsthaften Beschwerden sollte immer ein Arzt konsultiert werden. Die Evidenz für den Nutzen solcher Tests bei Gesunden ist schwach („practice“).
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