Kefir gilt allgemein als gesundheitsfördernd, kann aber in bestimmten Situationen ungesund wirken. Bei Laktoseintoleranz oder Milcheiweißallergie können selbst fermentierte Produkte Beschwerden auslösen. Zudem enthält Kefir biogene Amine wie Histamin und Tyramin, die bei histaminempfindlichen Personen oder unter Einnahme von MAO-Hemmern Kopfschmerzen, Hautreaktionen oder Blutdruckschwankungen verursachen können. Bei übermäßigem Konsum (mehrere Gläser täglich) kann der hohe Gehalt an Milchsäurebakterien zu Blähungen oder Durchfall führen. Auch der Alkoholgehalt (durch Gärung, meist <0,5 %) ist für Kinder, Schwangere oder Menschen mit Lebererkrankungen relevant. Industriell hergestellter Kefir enthält oft Zuckerzusätze, die den gesundheitlichen Nutzen mindern. Personen mit geschwächtem Immunsystem sollten auf pasteurisierten Kefir zurückgreifen, um seltene Infektionen zu vermeiden. Die Evidenz basiert überwiegend auf mechanistischen Studien und Einzelfallberichten; klinische Langzeitdaten sind begrenzt. Bei Unverträglichkeiten oder Vorerkrankungen ist ärztliche Rücksprache ratsam.
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