Bei der Stuhlprobenentnahme bei Kindern gibt es mehrere typische Fehler, die die Analyseergebnisse verfälschen können. Erstens wird oft zu wenig Material gesammelt – die meisten Labore benötigen eine bestimmte Menge (z. B. erbsengroß oder mehr). Zweitens ist die Kontamination mit Urin oder Toilettenwasser häufig, besonders bei Kleinkindern, die noch nicht sauber sind. Drittens wird die Probe nicht korrekt gelagert: Stuhlproben sollten entweder sofort ins Labor gebracht oder gemäß Anleitung gekühlt werden. Viertens wird das falsche Sammelgefäß verwendet (z. B. kein steriles Röhrchen mit Puffer). Fünftens kann die Einnahme von Medikamenten (Antibiotika, Probiotika) die Mikrobiom-Analyse beeinflussen, ohne dass dies dokumentiert wird. Sechstens wird die Probe oft nicht zeitnah abgegeben, was Bakterienwachstum oder Abbau von Biomarkern begünstigt. Für Kinder mit Durchfall oder Verstopfung ist zudem die Wahl des richtigen Testzeitpunkts entscheidend. MyBody-X-Tests für Kinder sollten nur nach Rücksprache mit einem Kinderarzt durchgeführt werden, da die Interpretation von Stuhldaten bei Kindern altersabhängig und nicht ausreichend validiert ist.
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